Man verwendet die Bezeichnung, die fürs Lesen am einfachsten ist. Ich würde, wenn ich die Wahl hätte, mit einem normalen Violinschlüssel arbeiten, und dort, wo die sehr hohen Noten vorkommen mit dem nach oben oktavierten Notenschlüssel arbeiten. Ein nicht oktavierter Schlüssel für die hohen Noten würde ich schlechter interpretieren können.
Ich würde aber schlicht und ergreifend die Methode anwenden, die mir das Notationsprogramm meiner Wahl anbietet. (Guitar-Pro, Power-Tab, Tux-Guitar etc.)
Für Gitarrennoten behilft man sich oft, mit der
• Angabe der Lage (Zeigefinger=1, Mittelfinger = 2 etc.) oder
• der Saiten (eingekreiste 1 für die hohe E-Saite, eingekreiste 2 für die B- bzw. H-Saite etc.)
• und sogar Bundangaben in römischen Ziffern sind gebräuchlich.
• spezielle Oktavierungszeichen unter den Betreffenden Noten, oft mit gestrichelten Linien, um zu wissen, wie lange die Oktavierung dauern soll.
• Wechsel des Schlüssels.
• u.a.m.
Wenn du lieber mit einem Notationsprogramm wie MuseScore arbeiten möchtest, kann es eine gute Hilfe sein, die Noten als Midi auszugeben, und in ein Tab-Programm zu importieren, um dort zu sehen, welche Darstellung dir das Programm anbietet. Dann siehst du schnell, welche Variante schlecht zu lesen ist.
Zudem würde ich mir einfach ein paar klassische Gitarrennoten anschauen (kostenlos im Netz) und dort einmal schauen, wie dort die Noten dargestellt werden. Es gibt durchaus verschiedene Methoden, und kein durchgängigen Standard. Leider habe ich meine Klassik-Noten zu Hause, so dass ich gerade nicht genau parat habe, welche Versionen am gängigsten sind.
Nur mal ein Beispiel:

Quelle: http://www.meyer-gitarre.deAlso verwende das, was am einfachsten, sinnvollsten erscheint, oder was am praktischsten ist (je nach Notationsprogramm). Zur Not fügst du noch eine Legende ein, wo beschrieben wird, was welche Zeichen bedeuten sollen.
Gruß Mjchael